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De l’Antiquité au XVIIème siècle, les pratiques étaient basées sur la théorie Animiste et Vitaliste. Dans ce courant de pensée, les organismes vivants sont considérés comme étant arrangés par une force perçue comme la réalité de l’Univers. Le Divin s’y confond avec la Nature et la Nature est la source de guérison.
Selon Hippocrate (400 av. J.C.), c’est la force vitale qui, malgré qu’elle soit imperceptible à l’œil nu, est la plus puissante des forces de cohésion et d’action. En effet, elle est présente partout et sans elle rien ne serait vivant. Dans son concept, la prévention et la guérison des maladies, étaient basées sur le fait de ne pas nuire et sur une alimentation saine permettant de représenter elle-même la médication. C’est la nature présente dans l’être humain qui devrait être sollicitée de manière naturelle afin de retrouver la santé. 

Puis, à partir du XVIIème siècle, la théorie Mécaniste à vu le jour abandonnant les simples règles d’hygiène vitale. Le progrès, le développement de la science, la physique, la chimie, etc. ont remplacés cette théorie et la pharmacologie et la technologie se sont développées. Cette théorie considère les organismes essentiellement comme des machines et considère la réalité de l’Univers comme étant uniquement la matière. Le fonctionnement des organismes se base sur des interactions physicochimiques et rien d’autre. La médecine allopathique est fortement imprégnée par cette théorie. 

Enfin, à partir des années 1920, une nouvelle théorie a vu le jour… C’est la théorie Holistique ou systémique. C’est une combinaison des deux modèles précédents qui prend également en compte les progrès de la physique et de la biologie. Tous les organismes y sont arrangés par un champ organisateur (physique quantique). Le champ quantique y est l’unique réalité et la matière simplement les espaces où ce champ est intense. Cette découverte nous permet de comprendre comment les formes se maintiennent et pourquoi les organismes ont la capacité de s’auto guérir. C’est sur cette vision plus globale que se base la naturopathie.